嘉靖四十一年（1562年）五月，副总兵黑春统军清剿王杲，却被王杲设伏生擒后磔死。王杲借机南下，犯辽阳，劫孤山，掠抚顺、汤站，前后杀死指挥王国柱、陈其孚、戴冕、王重爵、杨五美，把总温栾、于栾、王守廉、田耕、刘一鸣等数十人。
万历元年（1573年），王杲在抚顺互通马市。在马市上诱杀了明朝备御裴承祖，明朝一看这个，就停止了建州的贡市。
万历二年（1574年），王杲以明廷断贡市、部众坐困为由，纠集鞑靼土默特、泰宁诸部，大举犯扰明朝辽东重镇辽阳、沈阳。李成梁督兵进剿王杲所在的古勒寨，斩首一千余级。
万历三年（1575年），王杲被哈达贝勒王台俘虏，献给明廷，王杲被凌迟于北京。
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四、建州第三次叛明
万历十一年（1583年），王杲之子阿台图报父仇，屡袭明军。明将李成梁兵围阿台藏身的古勒城。
建州左卫，枝部酋长、大明都指挥使觉昌安和他的儿子塔克世一起，进入了古勒城劝降阿台图。
而被围困的图伦城的城主尼堪外兰，其实早已经将阿台图标好了价格卖给了李成梁。明军入城，将城中建奴杀戮一空，当然也包括了觉昌安和塔克世。
努尔哈赤问李成梁为何要杀祖、父二人？明遣使谢曰：‘非有意也，误耳!’与敕三千道，马三十匹，封龙虎将军，复给都督敕书。【太祖起而陈诉：以父、祖效忠，为明向导，共除大怼，兵锋所及，反与同歼，请示其故。成梁谢遣之。《清实录》】
【乃归二祖丧，与敕三千道，马三十匹，封龙虎将军，复给都督敕书。《东华录》】
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五、努尔哈赤建立后金
万历十九年（1591年）李成梁被罢免官职，至万历二十九年（1592年）李成梁七十六岁高龄再次被启用震慑辽东，这十年的时间里，明廷共更换了八个主帅，辽东防务松弛。
而李成梁发现了正在逐步壮大的努尔哈赤，而努尔哈赤听说李成梁复镇辽东之后，立刻派出了自己的弟弟努尔哈齐前往明廷朝贡。
李成梁对后金方略就是扶弱抑强，他久镇辽东，自然知道这些游牧部族的习性，认为建州三卫女真人，不能长期稳定的团结，一定会内讧。
董山与凡察卫印之争，觉昌安与王杲左右卫所之争，阿台图与塔克世之争，他都看在眼里。
他示意明廷笼络努尔哈齐，以增加努尔哈齐和努尔哈赤的矛盾。之后，李成梁又让儿子李如柏，娶了舒尔哈齐的女儿为妾。
明廷再次传出弹劾李成梁的消息，努尔哈赤立刻开始统一女真人的步伐。
万历三十五年努尔哈赤征伐乌喇部，乌喇部在乌碣岩之战中大败，海西女真归附。
万历三十六年，努尔哈齐被削爵，一怒之下反出建州，至开原（现铁岭），李成梁大喜过望，火上浇油，上书请旨册封努尔哈齐。努尔哈齐接受明廷册封，建州右卫都指挥使。
万历三十六年，李成梁再次被弹劾罢免，熊廷弼镇辽东。
努尔哈齐看自己的靠山不见了，面对努尔哈赤的咄咄逼人，失去了抗争的勇气，回到了努尔哈赤账下，幽禁致死。
万历四十年努尔哈赤再次出兵，击败乌喇部。万历四十一年（1613年）正月，灭乌喇部后，向叶赫部进军，攻势如火，连克城寨十九座，明廷见状介入，努尔哈赤休兵。
万历四十三年（1615年）七月，努尔哈赤趁着叶赫老女与蒙古成婚之机，发兵三千，屯驻南关旧地，准备一举荡平叶赫，由于明廷的再次干涉，努尔哈赤只好暂时息兵。同年李成梁卒於北京。
万历四十四年（1615年）努尔哈赤在赫图阿拉称“覆育列国英明汗”，国号“大金”（史称后金），成为后金大汗，年号天命。
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