与林云的静修不同，大汉的国土上战争成了主题。
黄巾起义不过一个月，全国七州二十八郡都发生战事，黄巾军势如破竹，州郡失守、吏士逃亡，震动京都。
这要是没有幕后黑手在推动，打死林云都是不信的。
汉灵帝见太平道如此厉害，有些慌了。
不过听闻有一仙人降世，献策于汉灵帝。
于是在3月以何进为大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
而皇甫嵩不知得了哪方高人的计谋，也是上谏要求解除党禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气。
另一方面又发精兵镇压各地乱事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋。
皇甫嵩及朱儁各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱儁又上表招募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱儁军连军。
而后张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
那降临大汉的仙人似乎并没有预料到局势的变化。
汉军在首战并未得利，于4月，朱儁军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。
又有那汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
林云见时机成熟，化名林景，作为一位游方道人，加入了曹老板的阵营。
5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援，林云随军出征。
大军距离皇甫嵩被困之地还有很远距离时，林云已然先一步到达。
林云与皇甫嵩商议后定下一计，火攻！
在傍晚时，林云动用太平经中记载的呼风之术吹起大风，而皇甫嵩则命士兵手持火把暗暗出城。
士兵们利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应。
皇甫嵩更是以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。
又遇上提前被林云告知的曹操援军，于是乎这支黄巾军被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
6月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，后斩杀了张曼成。
黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。
而皇甫嵩与朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军想逃到宛城。
但曹操登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。