哥仑比亚制度的转变并没有获得广泛支持，反而埋下了导火索，最终引发了史称千日战争的内战。
从1899年10月17日到1902年11月21日，一共1130天，双方动员了75000士兵，造成20万人死亡，还破坏了国家经济，令国家承担了巨大的内外债务。
英镑兑换率从1899年的15.85比索，于1903年达到505比索。
1902年11月22日，交战双方在米**舰“威斯康辛州”号上签署协议，该协议称为威斯康星州和平协议。
1903年1月22日，米国再就运河问题与哥仑比亚达成草案，但8月18日的哥仑比亚参议院表决并没有批准，原因是米国要求拥有运河两侧8公里宽的土地的主权，永久性的。
于是，以摩根为首的米国银行家们，为了其中的利益，转为支持巴拿玛独立，继续千日战争中，巴拿玛地区人未完成的事业。
11月3日，巴拿玛人占领了当地，解除了哥仑比亚在当地的武装，事实上没有遭到抵抗。
当夜，巴拿玛宣布独立，并在第二天成立临时政府。
11月13日，米国正式承认巴拿玛，之后，其他很多国家也都承认了。
11月18日，米国与巴拿玛签订条约，确定米国有权继续建造巴拿玛YH区，并在沿岸建立米国的巴拿玛YH区。
1914年1月7日，巴拿玛运河首次通航。
1914年4月6日，米国与哥仑比亚签订条约，并于1922年3月2日生效。
大致是，米国赔偿哥仑比亚2500万美元，双方消除在1903年巴拿玛独立事件中的所有裂缝。
允许哥仑比亚的军队在巴拿玛运河免费通航，免除运输农产品和邮件等船舶的税务。
促使哥仑比亚正式承认巴拿玛，并引用1855年6月9日的边界，在没有巴拿玛参与的情况下，确定了巴拿玛与哥仑比亚的边境。
1914年8月15日，巴拿玛运河正式开通。
由于YH区两侧各带宽5英里永久授予了米国，并建造了围栏，这令巴拿玛人很不满，最终在50年后，引发了1964年1月9日的暴力冲突。
这一天被称为烈士日，记载有22名巴拿玛人丧生。
1964年1月15日，巴拿玛与米国断交，直到4月，米国同意就巴拿玛运河问题重新谈判。
1977年9月7日，双方达成协议，米国答应将在1999年12月31日中午，把巴拿玛运河的主权移交给巴拿玛共和国。
1981年7月31月，促成条约的巴拿玛领袖因飞机失事而丧生。
而在1981年5月24日，厄胍多尔总统同样飞机失事。
有消息称，这些都是出自米国情报局之手，背后是里根总统，他于81年1月20日上任。
巴拿玛领导人去世后，巴拿玛军方控制了局面，三经更替后，1983年新的领袖诞生，曼努埃尔·安东尼奥·诺列加，但他的底子不干净，曾经参与贩卖药物。
反对派对此大加指控，他大肆镇压。
同时，米国就此对巴拿玛实施经济制裁。
1985年9月13日，指控他的一名医生，曾经的卫生部副部长，被虐杀在哥斯大黎加南部的边境线上，身体斩首，被阉割，指甲被撕掉。
这引起了全国的抗议，结果是当时的总统却下台了，新总统上任。
1988年2月，这位新总统试图解除诺列加的军事指挥，但他反而遭到了解职，最终逃亡到了米国。