这一治河思路，原时空一直被贯彻的满清末年。但在明代，有一个死结难以解开——高家堰加高，洪泽湖扩大加深，黄、淮河汛期到来时，会威胁到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代灭亡，也始终是一个半吊子工程，黄淮河的泛滥还是多发。
朱翊钧和张居正等阁臣反复商讨，又请示了陈、李两位太后，到最后也下不了动迁祖陵的决心。——现在真要这么干，政治阻力太大了，说动摇国本都不为过。
但不迁祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始终就要在这两条河流的威胁下苟延残喘，大量的资源投入到救灾补漏的恶性循环之中——这又是朱翊钧所不能容忍的。
而且，因为本时空潘季驯调研的比较深入，在第二版报告中，还提出了“束水攻沙”这一策略的短板。由于“黄淮合流”这一根源问题没有解决，且“黄强淮弱，黄高淮低”这一因素的作用，当汛期之时，淮河水道并不能全部容纳下泄的洪水，会导致回水倒灌洪泽湖，将洪泽湖的清水口淤塞。
长此以往，一方面影响“束水攻沙”的效果，另一方面水流变缓后，徐州以下还会形成悬河。
潘季驯在第二个方案被皇帝否定之后，终于再次大其心，这次终于大的没边了——他居然想用一连串堤坝工程和开挖新河，单独恢复黄河、淮河的入海通道！
具体思路是，先把黄河进入洪泽湖和原淮河的入水通道都截流，利用一连串的堤坝和旧河道，迫使黄河北上入海。然后以洪泽湖为枢纽，将淮河水放入旧河道，并截断淮河和长江的联系。
这一宏伟工程，将利用新开的加上以前的，共两条河道交替使用，来彻底解决黄河的淤积问题。施工方案如下：
首先开通新河道，将夺淮的黄河引开北上。同时将高家堰加高、加宽，蓄积淮水，再从洪泽湖西南部出湖，利用黄河的旧河道入海，将旧河道刷出来。
当旧河道刷出来一部分后，截断淮河进入长江的通道，将淮河水全部引入洪泽湖，扩宽洪泽湖西南清水口，加大刷河力度。
当黄河新河道二三十年后逐渐淤积时，将关闭黄河河闸，新修堤坝，将黄河导入洪泽湖，引入已经冲刷完成的淮河（老黄河）之中；同时再打开洪泽湖东北部大水闸或直接破开堤坝，用新修的堤坝将进入洪泽湖的淮水导入“新黄河”中，冲刷已经淤积的新黄河。
如此交替利用两条河道，一清一浊反复，一方面解决了黄淮河合流后，汛期洪水倒灌，洪泽湖清口的淤积问题；另一方面，交替使用两条河道，使黄河淤积这一千古难题得到根本性的解决。最后，因为洪泽湖有了两条出水口，将大大缓解祖陵的压力。
这一方案唯一短板在于黄河入洪泽湖期间，将导致洪泽湖出现淤塞，枢纽失灵。但是潘季驯判断，因为淮河位置较低，当再次重新改换河道后，洪泽湖内淤积的泥沙将被冲下去大部分，不会成为大患——为了百年之计，可在洪泽湖外留下一部分土地不予开发，充当泄洪区备用；也可在旱季进行洪泽湖的疏浚清淤工程，扩大库容。
这个方案若能成功，将一箭多雕，同时满足皇帝既保祖陵、又保运河，还保民生的要求。而且，利用这全国性的大工程及周边的配套水利工程，将使常年受灾的两淮和黄河流域成为粮米之乡——真正的功在千秋。
张居正当时看了潘季驯上交的第三份报告所耗费的钱粮、工役，猛吸凉气，二话没说，直接判第三份报告死刑。但朱翊钧见之，心里大为惊喜。
新中国建国后，治理黄、淮河采用的方式和潘季驯第三方案只有一小部分类似，最大的区别是没有彻底改变淮河仍为长江支流的状态，而且也当时黄河也改道了，因此治理两河均属于单流域治理。——黄河的淤积问题，到了新世纪其实已经不用解决，因为黄河下游基本上快断流了。
这一方案，后续效果将非常的鼓舞人心：一方面将三河联动，一涝皆涝的水域状态打破，利用黄、淮河单独入海的方式，一次性解决黄淮河争流问题和长江下游水量过大问题。此后，黄河、长江、淮河三条主要河流的防洪和治理以后就成为单流域问题。