然而，朱翊钧和张鲸，都不是后世的工商管理专才。朱翊钧因在税务局工作，对公司法、合同法等商法了解的能多一些，但上手管理之后，也常有力不从心之感。
张鲸作为朱翊钧亲传，管理思维上不免带着大量的“封建残余”，管人、管事，建章立制不足的部分都用“权力”充当抓手。
在集团发展壮大期间，这种管理模式没有太大问题。但随着摊子铺的越来越大，张鲸也发现国企病日渐凸显，运转涩滞，即便殚精竭虑，也难以应付。
于是，在万历四年三月，朱翊钧再次召开内府工商集团管理层会议，拟对集团实施正规化改造，助推其进一步发展。
会上，张鲸率领各大工厂管事、采购、销售负责人，先向朱翊钧做了一个总结：
此际内府工商集团在全国各地共下设钢铁厂四家、玻璃厂六家、肥皂厂四家、丝造厂十家、座钟厂两家、工艺厂三家共计二十九家大厂，每家工人都在千人以上；此外还有生产各类奢侈品的小厂子一百三十来家，工人在十几个到数百不等。
万历三年，这些厂子共生产钢材两亿六千万斤，为隆庆六年全国铁料生产量的两倍半；生产玻璃料一亿四千五百万斤；生产肥皂八百五十万斤。仅这三项给朱翊钧提供的利润，即达到了每年二百八十万两。
除了钢铁、玻璃直接批发以外，肥皂等“奢侈品”都由内府工商集团自行发售，因此销售环节的利润更高，年利润在万历三年已经接近三百万两。
加上其他丝造和奢侈品、工艺品等工厂生产销售产生的利润，朱翊钧应该是有了皇帝这个职业以来，最富有的皇帝——每年自由支配的资金即达到七百五十万两。
由于朱翊钧对现在各环节的生产效率不满意，因此这些资金至少三分之一又投入了技术升级和研发试验之中。三年内，内府工商集团已经表彰工匠一千六百余人次，在全国招揽无意科举且喜欢奇技淫巧的科研人才一百五十多人。对于技术开发，朱翊钧一方面参与指导，一方面不计成本的投入。
但是，粗放式的管理弊端已经暴露的越来越多：一方面是朱翊钧的问题，他在日常生活中，被某事触发一个想头，立即安排张鲸找人进行生产组织，例如他有一天突然想起前世看穿越小说，可以从海带和海肠子中提取谷氨酸钠——就写个小纸条传给张鲸，张鲸就成立一个小加工厂研发生产。
另一方面，是集团管理内部缺乏体制机制和规章制度，张鲸作为朱翊钧授权的“董事长”，眉毛胡子一把抓，尽管提拔了好些人，但是各级职权边界混乱——朱翊钧关注的事儿，一拥而上去揽功；朱翊钧长时间不过问的，就弃如敝履，成了集团内部斗争的发配地。
第三方面，**多发。张鲸深知自己被朱翊钧重点关注，因此谨小慎微，不太敢伸手。而且朱翊钧给他每年开六万两银子的年薪，张鲸在物质上已经很难产生新的需求。
但是集团采购、销售的两个环节，尽管朱翊钧严刑峻法，但抓不胜抓，贪渎者前赴后继。尤其是大厂，财务管理制度不健全，物资管理混乱，以之为生的外围商民，贿赂各级管事，大挖皇帝产业的墙角。
万历三年，朱翊钧派人到钢厂查账，仅焦炭采买和库房管事这两块，就查出来三十多人，贪渎总数近七万两——朱翊钧估计，全产业链的跑冒滴漏，每年当在百万以上。
于是，趁着这国企病还没到病入膏肓的程度，对其进行改组实施正规化管理，势在必行。