在大明建极之后，太祖也尝与侍臣谈论对待大臣的礼节问题，太史令刘基对他说：“古代公卿有罪，通常诣请自裁，从不轻易施以污辱之刑，目的在于保存大臣的体统。”侍读学士詹同也说：“古代适用刑不上大夫的原则，以鼓励形成廉耻之节操。如果能做到的话，则君臣之间的恩与礼就都可以实现了。”朱元璋对此深以为然。
虽然后来的明代皇帝经常对大臣施以杖刑，谈不上什么“礼遇臣下”。但在司法实践中，对于官员确是有明显优待的。其中最阻碍司法调查的是，在罪行未明的情况下，官员是不能轻易被审问的——皇帝下旨诏狱的除外。
但“诏狱”作为溢于国家正式法律体系之外的特殊制度，其合理发挥作用的前提，并不是建立在某种制度基础上，而是权力掌握者与行使者的意愿，故具有浓厚的人治属性。
正因为此，“诏狱”制度自身可能所具有的合理性因素，也会因为秉政者个人的私心而大打折扣乃至于消逝殆尽，甚至蜕变为自逞私欲的工具；一旦君主昏庸、权臣秉政之时，掌权之人多借“诏狱”之名，泄私愤，逞淫威，打击异己，祸害无穷。
大明的“诏狱”又称“锦衣狱”，曾经造成的冤案可谓罄竹难书。尽管从皇帝的角度看，朱翊钧觉得这制度用起来很顺手，但有了孩子之后，他经常考虑后代出现昏君的问题，因此在张文明遇刺案之后，他就没有继续使用诏狱。
去年，经过多年巡回法庭的淬炼之后，大明第一法律专家海瑞上了一道奏疏，痛陈诏狱之弊，希望朱翊钧从立法层面永远废除诏狱制度，其中恳切之语，令朱翊钧动容：
“盖一成之法，三尺具存。而舞文巧诋之人、曲致希合之吏，犹或高下其手，轻重在心，钩摭锻磨，罔用灵制。又况多张网穽，旁开诏狱。理官不得而议，廷臣不闻其辨。事成近臣之手，法有二三之门哉！是人主示天下以私而大柄所以失于下，乱所由生也。”[注]
在海瑞的奏章上，朱翊钧批答知道了，当时并未作出肯定的答复，但废除诏狱的想法由是坚定：待能够部分取代诏狱功能的制度建立起来之后，才是废除诏狱制度的时候，否则难以突破“刑不上大夫”这一礼制给司法实践带来的阻碍。
朱翊钧前世作为一个中层干部，对隔离审查的措施有过了解，也看过很多好汉在双规地点洗心革面，重新从鬼变成了人的纪录片。当时的他会感到疑惑，为什么不动刑罚，这些人就发自内心的悔过了呢？
抱着这个疑问，他当时曾经与监察部门的人员进行过交流，由此了解了一些手段，在朝廷新颁布的诏令中改头换面的都用上了。待诏令成稿，都察院等部院又提了两轮修改意见。
恰逢吴善言案发，朝廷就将之颁布了出来，而吴善言就有幸成为本时空第一个被“双规”的高官。
三月十日，诏令下达杭州。同时，都察院任命张文熙为吴善言审查专案组长的文件也随之抵达。
三月十一日，杭州西湖湖畔的一栋别墅里，吴善言面对着一张桌子和文房四宝，冷笑着对张文熙道：“你别废话了，想让我写什么？”
张文熙温煦的笑道：“吴大人不要误会。都察院的政策呢。就四个字，治病救人。俗话说有则改之，无则加勉，你就写一写任官的这些年，那些事做错了——算是自述吧。嗯，那个，检讨了解吧，跟那个差不多少。不管你写什么，我们都核实，要是没错呢，您也好官复原职不是？”
“想一想张佳胤巡抚，蔡国熙布政司使，原来不都被停职勘查过，查过了照样是一个好官！现在不还官运亨通吗？”