至此，把关条约的所有协议几乎都达成了共识，几天之后双方正式签订了条约。
三月二十三日，李鸿章被迫在条约上签了字。条约共十一款，附有《另约》和《议订专条》。
主要内容为：一、中国承认朝鲜为“完全无缺之独立自主”；二、中国割让台湾全岛及所有附属各岛屿、澎湖列岛和辽东半岛给日本；三赔偿日本军费库平银二万万两；四、开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸，日船可沿内河驶入上述各口搭客装货，日本政府得在通商口岸设立领事官；五、日本臣民可在中国通商口岸城邑任便设立工厂、输入机器，只交所订进口税，日本在华制造的一切物品得免征各项杂税，所有日货均可设栈寄存；六、交换俘虏，中国即行释放日本军事间谍或被嫌逮之日本臣民。四月初八日，清政府批准了这一丧权辱国的条约。四月十四日，中日双方在烟台互换批准书，《马关条约》开始生效。
而这个时候一直在南京蛰伏的刘海在得到大清国政府同日本签订马关条约的消息之后，立刻大喜过望，对着左右的幕僚说道：“此天赐良机，正是我南洋飞龙在天之时。”
当天晚上刘海就写了一封奏折，命人送到了京师。
在这封奏折之中，刘海痛斥了朝廷上的卖国贼李鸿章等人，然后用假模假样的说道，台湾乃是祖宗百战所得，不可轻弃。接下来又诉说台湾在大清海疆的战略重要位置，同时说明台湾是南洋水师基地所在，愤慨的请求朝廷废约再战。
刘海的奏折再送到朝廷之后，立刻就引起了一片的喧哗。
慈禧等投降派自然是不愿意，本来已经得到和平的机会，怎么能就这么再次开战？
而像光绪皇帝等主战派，对于这一次的马关条约苛刻的条件，是已经愤慨到了极点？
要知道大清国和列强打交道这么多年以来，从来就没有做出过这样大的让步。
就连世界第一强国英国也没有办法逼迫大清国签订这样的条约，现在竟然被一个小小的日本所达成了。
因为在朝廷上对于日本小视的习惯，由来已久，这些官老爷们能够接受大清国被洋人打败的事实，却无法接受大清国被日本人击败的现状。因此不满马关条约的人大有人在。
而刘海的这个奏折，自然引起了满朝上下文武大臣的共鸣。
就连光绪皇帝再接到刘海的奏折之后，也是兴奋异常连续，召集大门武大臣商量了几天，准备不承认马关条约，继续命南洋水师全军出动，与日本海军决战。
但是刘海的奏折，却遭到了慈禧太后强力的压制，甚至有一次在光绪皇帝召开大朝的时候，慈禧太后竟然破例地从颐和园出来来到了乾清门。
慈禧太后对着满朝文武咆哮着，痛斥刘海不知高低，只之一时的血勇，却不把国家大义放在心上。
同时话中明里暗里说刘海在北洋同日本人大战的时候，坐山观虎斗，坐看北洋水师全军覆没。