反贼将领们还可以做出投降的举动，他们虽然是领兵将领，投降了却未必没有活路，但有些人是真的心慌万分，连投降都不敢。比如前南京兵部尚书傅振尚，吏部尚书熊明遇，以及隆平侯张拱日等勋贵们。
当初为了扫清内城阻力，防止生乱，袁崇焕以协守外城为名，把南京六部官员以及一众勋贵都赶出了内城，命他们分守外城各处城门。而随着反贼大军进入外城，这些高官勋贵大都选择了投降反贼，而少数不愿投降的如郑三俊选择了自杀殉国。
原本想着投靠江西保住权势爵位，现在则一切都成了空。
袁崇焕走的时候带走了一些人，比如钱谦益，但对这些勋贵和大部分没用的官员，袁崇焕没空理会。现在反贼败亡已成定局，想想被皇帝抓住会落得什么下场，这些人恐惧的浑身发抖。
当知道袁崇焕逃走的消息时，这些人不约而同做出了逃离南京的举动。但他们这些人并非反贼核心，知道消息太晚，等到逃走时才发现，整个外城城门皆已被禁卫军占领，根本已经无路可逃，只能选择脱掉官服换上便衣，试图隐身在南京民间，好躲过禁卫军的搜捕。主动出来投降，他们根本不敢
朱由检及一应禁卫军高层当然没时间理会这些叛徒，当得知袁崇焕逃走，外城贼军纷纷投降的消息，上自朱由检下到洪承畴袁可立，都松了一口气，知道大势已定！
“恭喜陛下，彻底击溃反贼收复南京城。”洪承畴袁可立等臣齐声向朱由检道。
“上有列祖列宗保佑，下赖诸卿呕心沥血，方才平定了反贼夺回南京城，此战皆诸卿众将士之功也！”朱由检满面春风道。
打赢了这场仗，局势才终于算是转危为安，朱由检心情很轻松。
在此之前，大明南方的局势真的是岌岌可危。湖广反叛，浙江福建蠢蠢欲动，广东也出现了大股百姓起义，整个长江以南可以说处处烽火。若是局势拖延下去，各省反贼联合起来，会非常的麻烦，禁卫军很大概率会被赶离江南。然而河南大乱尚未平定，失去了江南各省的钱粮支持，连年灾旱残破的北方，根本就供养不起庞大的禁卫军。到时大明将走向何处真的为未可知。
而现在，随着袁崇焕弃城而逃，随着整个外城被拿下，局势可以说完全缓和下来。
袁崇焕并没有带走多少军队，江西二十万大军陷在了南京城中，即便袁崇焕能逃回江西，没兵没将也翻不起多少浪花，平定江西也只是早晚的事。
谷现在虽然湖广叛乱，虽然浙江福建各省处处烽火，但只要南京之战的结果传去，各地叛军必然会慌乱无比军心大乱。而没有叛乱的地区，那些士绅官员们必然不敢再生乱。
可以说，整个江南的局势，算是稳定了下来。朱由检再也不用像以前那样担忧，再也不用整夜睡不着。
“诸卿，接下来该怎么做？”朱由检问道。
“陛下，南京外城被反贼肆虐多日，百姓们痛苦不堪。眼下咱们首先要做的是稳定人心，清除叛逆，先把南京城彻底清扫干净。”洪承畴建议道。
南京是大明京城，地位非常重要，现在既然完全掌控了南京，自然要趁机改造一番。
朱由检点点头，明白洪承畴的意思，是时候进行清算了。
“传朕的旨意，禁卫军出动，控制住外城各个街坊，禁止打砸抢现象发生。凡禁卫军将士以及农兵们，敢违抗着一律军法论处！而那些地痞反贼残兵，一旦发现其作恶，皆当场斩杀！
再发一道安民告示，告诉全城百姓，战斗已经结束了，大家的生活很快会恢复正常，让大家都不用再惊慌。”
“南京厮杀月余，城内物质非常短缺，据闻很多百姓连做饭的柴禾都没有，只能拆了门板家具点火做饭。至于各种物资，更是短缺无比。要想稳定民心，当务之急便是迅速从各府调集物资供应南京。”袁可立建议道。
“袁大人说的是，但是眼下太平广德等府尚未恢复，只能从江东四府或者江北诸府调集物资。”洪承畴道。
“那就从江东江北调，要尽快恢复南京百姓的生活。”朱由检当机立断道。