朝鲜国虽然是被迫归附建奴和建奴约为兄弟之国，但毕竟做出了背叛大明的事情。现在明军给与建奴重创，夺取了和朝鲜接壤的定辽右卫，使得朝鲜国内震动，朝鲜王连忙派出使者到大明来朝拜，解释被迫归附建奴之事，纯属小国的无奈。
事实上对于朝鲜国被迫归附建奴，大明朝堂官员都能理解，毕竟是大明无力保护藩属国，怪不得藩属国另投他国，而且朝鲜国的心一直在大明这边，视建奴为蛮夷，归附建奴纯属迫不得已。大明是天朝上国，理应宽宏大度，对朝鲜自然不应苛责。
然而现在的朱由检不是以前，魂游时见过后世棒子国的无耻，对棒子国归附建奴情形自然不愿轻饶。
于是朱由检以皮岛荒凉无法耕种、救回的数万辽民需要安置为由，下旨把百姓安置在朝鲜铁山半岛、义州、朔州和大明隔鸭绿江相望的地区，并派出禁卫军驻守以上地区。事实上，这些地区在元朝的时候归元朝所有，太祖朱元璋建立大明之后，看朝鲜国恭顺，才把鸭绿江以外地区划给了朝鲜，现在朱由检决定重新拿回来。
对朱由检的决定，朝鲜国虽然不愿，却也无可奈何，毕竟名义上朝鲜属于大明，朝鲜国土也是大明土地，现在大明皇帝只是征用一些朝鲜土地安置从建奴那里救回的辽民而已。经历了建奴的两次攻打，朝鲜国力虚弱不堪，对大明根本无力反抗，再说大部分朝鲜官员也不想反抗。
有了朝鲜数州，再加上宽甸凤凰城等地，救回的辽民和皮岛的军民便有了足够地方安置。
除了定辽右卫，明军在还占领的便是辽南地区，主要是旅顺、金州半岛南部一带。辽南半岛多山，不适合耕种，没必要占据太多地盘，旅顺港是山东通往辽东毕竟之路，必须得占领。卢象升向朝廷请旨，以周遇吉为旅顺总兵，率禁卫军三千，原东江兵七千，共一万人，驻扎在旅顺金州。
是的，现在辽东归卢象升负责，孙传庭已经被免了蓟辽总督之职。
无力阻止停征辽饷，张捷等御史便把矛头对准了孙传庭，每天弹劾孙传庭的奏疏达数十份之多。而孙传庭在此次大战中表现也不尽如人意，比如永平府之战，明军向无辜百姓动了刀子，致使数万百姓惨死在战场上。虽然当时孙传庭也是被逼无奈，但发生了就是发生了，对有道德癖的人来说，这就是污点。
遭到这么多弹劾，孙传庭上疏自辩的同时，请辞蓟辽督师之职。朱由检便下旨，免去孙传庭蓟辽督师之位，改任南京兵部尚书。
从蓟辽督师这天下第一督抚，到南京兵部尚书，说不上是升官还是贬职，孙传庭原先就挂兵部尚书衔算是平调，南京又是陪都，权力当然没有当蓟辽总督那么大。但在南京，六部职位都是用来养老，兵部尚书却不是，而是掌管南方兵权的，算是南都官员之首。从这方面来说，孙传庭又算是升官了。
朝臣们猜不透朱由检的用意，见孙传庭被打发到南京“养老”，也就不再闹腾了。
蓟辽总督出现空缺，想做这个职位的纷纷钻营，但都被朱由检否决。朱由检宣布，不再设蓟辽总督之位，辽东一应事务由辽东经略卢象升负责。
卢象升刚刚立下大功，即便升任蓟辽总督也无可厚非，不过辽东经略职位除了不管蓟州，论职权和督师相差不多。
卢象升率军撤回了辽西，留下了三营禁卫军在辽西驻防，其他禁卫军都返回北京城。
朝廷的封赏下来了，卢象升因直捣黄龙立下奇功，被加封为太子少保，左副都御史，挂兵部尚书衔经略辽东，正式成为正二品大员。