轻轻抛出宰相这个诱饵，朱由检再不多言。接下来的时间，不管是洪承畴还是温体仁都会成为自己的铁杆，都会拼命的表现，帮助自己力行革命。只有建立一个全新的大明，他们当宰相的理想方能实现。
不得不说，洪承畴和温体仁都是聪明绝顶能力非凡之人，接下来的时间，他们根据朱由检的提示设计出来的吏考以及吏员管理制度，越来越完善，越来越合理，考虑到了方方面面，便是朱由检都叹为观止，这都是后话了。
三路大军会剿闻香教叛军进行的非常顺利。李重镇在莱州城轻易击溃闻香教主力十多万人后，因兵力不足，只攻到了平度州，在平度州再次击败闻香教圣女和马王爷的残军之后，停下了进攻的步伐。
而赵率教却率领京师禁卫军击溃了青州府北部数支小股造反农民军后进入了莱州府境内，从潍县向南攻向胶州、即墨。
周遇吉则率领辽东禁卫军自登州城登陆，分兵攻向福山、宁海州、文登、莱阳等县。在剿灭造反农民军的同时，重点占据沿海各个卫所。
登州府三面临海，担负着海防之重任，除了在登州城修有水城炮台屯驻重兵以外，在沿海各处设立威海卫、成山卫、靖海卫、大嵩卫四个卫所，以及金山所、奇山所、崖山后所、寻山后所、宁津所等十多个千户所，海边烽墩堡垒更是上百处之多。
在账面上，整个登州府便有卫所兵十余万，不过这些只是账面上的数字而已，到了崇祯年间，绝大部分卫所兵早就沦为了农夫，不，应该说佃户或者军奴更为恰当。卫所的军田早被千户指挥们瓜分霸占完毕，卫所高级军官们一个个都成为世袭的大地主，别说普通的军户，便是好些总旗百户之类低级军官，也不得不靠给地主老爷们扛活才能维持生计。
因为军籍的限制，他们比农户更加不自由，连不当军奴的权力都没有，除非选择逃亡成为流民，而为了活命，每年逃离的军户也为数众多。
至于战斗力，除了少数将领会练祖传的武艺，绝大部分军户已经和民夫没什么两样。嘉靖年间以后，倭寇踪迹消失，没了防倭的压力，胶东半岛更是武备松弛，将领们连家丁都不愿养，十多万军户已经彻底成为了废物，朝廷遇到战事需要征召山东军队，还需要募兵。
胶东一带本就多山丘，土地相对西部平原很是贫瘠，这里的百姓日子过的更是苦不堪言，而和农户相比，军户的日子过的更差，所以当闻香教在胶东造反之后，众多军户闻风而起，加入了造反的大军。
威海卫、成山卫、靖海卫等地，皆有军户造反，甚至一些低级军官也加入其中，在登州府内，至少有十多股造反者。他们造反之后先向卫所的千户指挥使所在庄园发动进攻，抢夺地主老爷们的钱粮财物，进而会进攻州县城池，威海、成山卫城，还有文登县城已经先后失陷。
卫所军毕竟是军队，至少和普通百姓相比，那些军官还是懂得一些战斗技能的，这些造反军户又占据城池，一般而言，想剿灭并非易事。不过这次进剿他们的却是最精锐的辽东禁卫军，而且足足两万大军！
周遇吉登陆登州水城以后，先是派兵控制了登州府城，把登州城牢牢控制在自己手里。面对周遇吉的强势，登莱巡抚、登州知府、监军道、督粮道等登州官员都不敢吭声，济南兖州等府官吏的下场震慑了他们，他们生怕周遇吉也对登州官场来一场清洗。
剿匪在即，周遇吉却没有时间理会这些官员，控制了城防，控制了粮仓之后，先分兵攻取黄县、招远，周遇吉自己则亲率主力向东攻向各处卫所。
有的卫所被叛军占据，周遇吉一到便发动进攻，他随军携带了红夷大炮二十门，皆用海船装载随行，到达沿海卫所之后，靠着红夷大炮能轻松轰破卫所城墙。往往城墙轰破，叛军便会不战而降。便是有叛军想负隅顽抗，也不是精锐的辽东禁卫军的对手。
不过胆敢抵挡禁卫军的根本没有多少，大军一路清剿，也只在威海卫打了一场硬仗，先是击溃了胆敢出城迎战的叛军，然后以火炮轰破威海卫城，大军攻入城中，斩杀负隅顽抗的叛军数百，其他叛军便不战而降。
攻占卫所之后，先进行甄别，把带头叛乱的头目还有卫所将领统统抓出来杀头，至于普通的叛军，则一律用船送往辽东屯边。辽东现在地广人稀，有的是土地，这些叛军被押到辽东后先做两年苦力恕罪，然后会分给他们田地耕种。
至于没有参与卫所，禁卫军占据以后，也会把卫所将领们揪出来，以畏敌如虎、失职、侵占军田等一系列罪名抓起来充军辽东，他们霸占的军田自然也会充公。
很快朱由检派人来到登州府，宣布所有沿海卫所军户一律改为民户，军田则充为官田，分给这些普通军户耕种。从此以后，这些军户便和清田司所属其他民户一样，只需要缴纳田租，不需要再承担军役，田租的比例远低于给将领们当军奴。
这项政策一出，沿海军户们欢欣鼓舞纷纷向济南皇帝所在方向跪拜磕头，高呼万岁。
再接下来，平定叛乱的速度更加迅速了，周遇吉大军一到，各叛乱卫所纷纷归降。能分到田地过上安生日子，这些军户也不想造反。
用了两个月时间，周遇吉率军占领了登州府所有卫所，并占据了莱阳、栖霞、文登、黄县、招远、宁海、福山等州县，每个县皆屯兵千余。
而于此同时，张世泽也击败了十数支农民军，占领了胶南青州南部等州县，并在崂山击溃了闻香教最后的军队，抓住了闻香教圣女，而闻香教二头领马王爷则不知所终。
赵率教则控制了青州莱州府北部州县。
自此，遍布胶东三府的闻香教起义，只用了三个月时间，便被彻底平定。