正统初，运粮之数四百五十万石，而兑运者二百八十万馀石，淮、徐、临、德四仓支运者十之三四耳。土木之变，复尽留山东、直隶军操备。苏、松诸府运粮仍属民。景泰六年，瓦剌入贡，乃复军运。天顺末，兑运法行久，仓入觊耗馀，入庾率兑斛面，且求多索，军困甚。宪宗即位，漕运参将袁佑上言便宜。帝曰：
“律令明言，收粮令纳户平准，石加耗不过五升。今运军愿明加，则仓吏侵害过多可知。今后令军自概，每石加耗五升，毋溢，勒索者治罪。”后从督仓中官言，加耗至八升。久之，复溢收如故，屡禁不能止也。
初，运粮京师，未有定额。成化八年始定四百万石，自后以为常。北粮七十五万五千六百石，南粮三百二十四万四千四百石，其内兑运者三百三十万石，由支运改兑者七十万石。兑运之中，湖广、山东、河南折色十七万七千七百石。通计兑运、改兑加以耗米入京、通两仓者，凡五百十八万九千七百石。而南直隶正粮独百八十万，蓟州一府七十万，加耗在外。浙赋视苏减数万。江西、湖广又杀焉。天津、苏州、密云、昌平，共给米六十四万馀石，悉支兑运米。而临、德二仓，贮预备米十九万馀石，取山东、河南改兑米充之。遇灾伤，则拨二仓米以补运，务足四百万之额，不令缺也。
至成化七年，乃有改兑之议。时应天巡抚滕昭令运军赴江南水次交兑，加耗外，复石增米一斗为渡江费。后数年，帝乃命淮、徐、临、德四仓支运七十万石之米，悉改水次交兑。由是悉变为改兑，而官军长运遂为定制。然是时，司仓者多苛取，甚至有额外罚，运军展转称贷不支。弘治元年，都御史马文升疏论运军之苦，言：“各直省运船，皆工部给价，令有司监造。近者，漕运总兵以价不时给，请领价自造。而部臣虑军士不加爱护，议令本部出料四分，军卫任三分，旧船抵三分。军卫无从措办，皆军士卖资产、鬻男女以供之，以造船之苦也。正军逃亡数多，而额数不减，俱以馀丁充之，一户有三、四人应役者。春兑秋归，艰辛万状。船至张家湾，又雇车盘拨，多称贷以济用，此往来之苦也。其所称贷，运官因以侵渔，责偿倍息。而军士或自载土产以易薪米，又格於禁例，多被掠夺。
今宜加造船费每艘银二十两，而禁约运官及有司科害搜检之弊，庶军困少苏。”
诏从其议。五年，户部尚书叶淇言：“苏、松诸府，连岁荒歉，民买漕米，每石银二两。而北直隶、山东、河南岁供宣、大二边粮料，每石亦银一两。去岁，苏州兑运已折五十万石，每石银一两。今请推行於诸府，而稍差其直。灾重者，石七钱，稍轻者，石仍一两。俱解部转发各边，抵北直隶三处岁供之数，而收三处本色以输京仓，则费省而事易集。”从之。自后岁灾，辄权宜折银，以水次仓支运之粮充其数，而折价以六七钱为率，无复至一两者。
先是，成化间行长运之法。江南州县运粮至南京，令官军就水次兑支，计省加耗输輓之费，得馀米十万石有奇，贮预备仓以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧上仓而后放支。户部言：“兑支法善，不可易。”诏从部议，以所馀就贮各卫仓，作正支销。又从户部言，山东改兑粮九万石，仍听民自运临、德二仓，令官军支运。正德二年，漕运官请疏通水次仓储，言：“往时民运至淮、徐、临、德四仓，以待卫军支运，后改附近州县水次交兑。已而并支运七十万石亦令改兑。但七十万石之外，犹有交兑不尽者，民仍运赴四仓，久无支销，以致陈腐。请将浙江、江西、湖广正兑粮米三十五万石，折银解京，而令三省卫军赴临、德等仓，支运如所折之数。则诸仓米不腐，三省漕卒便於支运。
岁漕额外，又得三十五万折银，一举而数善具矣。”帝命部臣议，如其请。六年，户部侍郎邵宝以漕运迟滞，请复支运法。户部议，支运法废久，不可卒复，事遂寝。