初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其后船数缺少，一船受米七八百石。附载夹带日多，所在稽留违限。一遇河决，即有漂流，官军因之为奸。水次折乾，沿途侵盗，妄称水火，至有凿船自沉者。
明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员外分理，主事督兑，其制不一。景泰二年始设漕运总督于淮安，与总兵、参将同理漕事。漕司领十二总，十二万军，与京操十二营军相准。
初，宣宗令运粮总兵官、巡抚、侍郎岁八月赴京，会议明年漕运事宜，及设漕运总督，则并令总督赴京。至万历十八年后始免。凡岁正月，总漕巡扬州，经理瓜、淮过闸。总兵驻徐、邳，督过洪入闸，同理漕参政管押赴京。攒运则有御史、郎中，押运则有参政，监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓则有主事，清江、卫河有提举。兑毕过淮过洪，巡抚、漕司、河道各以职掌奏报。有司米不备，军卫船不备，过淮误期者，责在巡抚。米具船备，不即验放，非河梗而压帮停泊，过洪误期因而漂冻者，责在漕司。船粮依限，河渠淤浅，疏浚无法，闸坐启闭失时，不得过洪抵湾者，责在河道。
明初，於漕政每加优恤，仁、宣禁役漕舟，宥迟运者。英宗时始扣口粮均摊，而运军不守法度为民害。自后漕政日驰，军以耗米易私物，道售稽程。比至，反买仓米补纳，多不足数。而粮长率搀沙水於米中，河南、山东尤甚，往往蒸湿浥烂不可食。权要贷运军银以罔取利，至请拨关税给船料以取偿。漕运把总率由贿得。仓场额外科取，岁至十四万。世宗初政，诸弊多厘革，然漂流、违限二弊，日以滋甚。中叶以后，益不可究诘矣。
漕粮之外，苏、松、常、嘉、湖五府，输运内府白熟粳糯米十七万四十馀石，内折色八千馀石，各府部糙粳米四万四千馀石，内折色八千八百馀石，令民运。
谓之白粮船。自长运法行，粮皆军运，而白粮民运如故。穆宗时，陆树德言：“军运以充军储，民运以充官禄。人知军运之苦，不知民运尤苦也。船户之求索，运军之欺陵，洪闸之守候，入京入仓，厥弊百出。嘉靖初，民运尚有保全之家，十年后无不破矣。以白粮令军带运甚便。”疏入，下部议。不从。
凡诸仓应输者有定数，其或改拨他镇者，水次应兑漕粮，即令坐派镇军领兑者给价，州县官督车户运至远仓，或给军价就令关支者，通谓之挖运。九边之地，输粮大率以车，宣德时，饷开平亦然，而兰、甘、松潘，往往使民背负。
永乐中，又尝令广东海运二十万石给交址云。