由于组织不当，一切军政事务皆由王振专断。户部尚书王佐请朱祁镇回京，王振就命其跪在草丛里，直到天黑才能起来。随征的文武大臣不能参与军政事务，军内自相惊乱。明军刚到达大同，接获镇守太监郭敬的密报，也先为诱明军深入，主动北撤。王振看到瓦剌军北撤，仍坚持北进，后闻前方惨败，惊慌撤退。王振本欲使朱祁镇于退兵之时，经过其家乡蔚州“驾幸其第”，以显威风。又怕大军损坏他的田园庄稼，故行军路线屡变，导致士兵疲惫不堪。瓦剌大队追兵追袭而来，明军三万骑兵被“杀掠殆尽”。余下部队移师于土木堡被瓦剌袭击，明军战败投降，伤亡过半，皇帝朱祁镇被俘，兵部尚书邝埜、户部尚书王佐等大臣战死。
一夜之间爆发了土木堡之变，皇帝朱祁镇被俘，瓦剌咄咄逼人。一时间，朝野震惊，全国哗然，特别是京师，到了人人自危的地步。
面对危机局面，大明朝堂之上围绕是“战”还是“迁”展开了纷争。正统十四年（公元1449年）八月十八日，由孙太后压阵，监国的郕王朱祁钰主持召开御前会议，商讨对策。翰林院侍讲徐珵根据天象的变化，首先提出迁都南京，以避刀兵。南迁之议，颇得一些大臣支持。于谦当即否定了这项提议，他认为皇陵、宗庙、社稷都在京师，不可轻易迁移，且要以宋朝为教训，指责南迁是亡国之论。
正统年间，皇帝朱祁镇宠信宦官王振，大臣凡是有不利于王振者，非死即贬。如今朱祁镇被俘，王振被杀，众大臣纷纷吐气扬眉，甚至跪在午门外，要求监国的郕王朱祁钰惩处王振余党。这时，王振的党羽锦衣卫指挥使马顺出来阻挡，当即被愤怒的群臣打死，王振的外甥王山作为王振的同党，也被当庭打死。郕王朱祁钰看到眼前的惨状，有些害怕，欲回宫去，但于谦却拉住他的衣袖，说王振罪当诛九族，马顺等人罪孽当死，打死他们的群臣应不予追究。朱祁钰下令马顺等人罪有应得，而众臣则无罪。
俘虏了朱祁镇，瓦剌太师也先又忧又喜，喜的是连大明的皇帝都抓住了，忧的是不知道该杀还是该留。倒是他的弟弟伯颜帖木儿提议，大明的皇帝奇货可居，不如留下他，好向明朝廷索要财物。也先觉得这个提议甚好，便留下朱祁镇一命。
也先想借被俘的皇帝朱祁镇敲诈勒索明朝廷，明朝廷中以于谦为首的大臣们建议孙太后，国不可一日无君，更何况在此危难之时。正统十四年（公元1449年）八月二十八日，王文上书朱祁钰，希望他以江山社稷为重，承继大统。当时的皇太子朱见深年仅两岁，为免主少国疑，于谦等大臣禀明孙太后，最终在同年九月拥立朱祁钰为帝，改元景泰，遥尊朱祁镇为太上皇。景泰皇帝朱祁钰下令边关将领，不得私自与瓦剌接触，即便是瓦剌用太上皇朱祁镇的名义，也不用搭理。同时展开大规模的清算行动，诸多的王振党羽纷纷落马。
也先恼羞成怒，挥师攻打京师。朱祁钰任用于谦等人组织京师保卫战，整肃内部，调集重兵，安定人心。最终在同年十一月击退瓦剌，取得京师保卫战的胜利。瓦剌无奈之下，退走大漠。
景泰元年（公元1450）八月，距离太上皇朱祁镇被俘，将近一年。瓦剌无法从他身上得到好处，又多次被明军打败，只好派人南下求和，表示愿意放朱祁镇回去。瓦剌倒是愿意放人，可是恋栈皇位的景泰皇帝朱祁钰却不乐意了。
朱祁钰派了杨善等人前往查探，谁知杨善乘机迎驾，将太上皇朱祁镇接了回来。羁留塞北一年之后，朱祁镇踏上了回乡之路。八月初二，朱祁镇从也先的驻地出发，十四日抵达居庸关。十五日，一轿两骑，悄然进入安定门。北狩一年的太上皇朱祁镇，终于回来了。
然而，一回到京师的太上皇朱祁镇，便被他的弟弟朱祁钰软禁在了南宫。