杨林坚信只要训练得当并粮饷足额，自己手下的这些辽兵在日后必能发挥巨大的作用。因此他根据后世中国军队的训练方式和内容，总结分析现今明军的作战特点，在原有的训练内容上新设战术、侦查、擒敌、越野、器械、工事、体能、泅渡等九大主要训练科目。各主要训练科目下包含不同的次要训练科目。
如战术训练除了传统的训练内容外，新增了在平原、城堡、山地、丛林等不同地形的攻守方法，以及对今后装备的大盾和标枪的训练方法。其中四百米障碍就属于这一科目内的次要科目。
侦查训练包括刺探、化妆、潜伏、捕俘、伪装等方法，是斥候和夜不收们必备的训练科目。
擒敌这项科目主要是训练官兵个人的格斗技能。杨林将教授他们来自后世的中国散打、西洋拳击和泰缅拳脚等格斗技能。这是在战场上与敌人肉搏时获取优势的关键。
越野训练分为轻装和武装两种。简单地说轻装就是徒手长跑，武装就是全身披挂长跑。
器械训练包含单双杠、木马，以及飞索、云梯、冲车、战车等如何使用。
工事训练主要内容就是构筑营地和野外工事，外加布设炸炮和鹿砦等物，以遏制和防御后金军的骑兵及弓箭手。
体能训练的内容就多了，什么俯卧撑、仰卧起坐、举重、拖石锁、拔河、跳绳、深蹲、扛圆木等等。
泅渡训练主要分为武装泅渡和轻装泅渡，目的是在行军作战中能快速渡过大小河流。轻装泅渡就是让官兵都会游泳，在没有任何辅助装备的情况下渡过河流。武装泅渡时以队为单位编扎木筏，将怕水的铠甲和弓弩用油布包裹好放在上面，然后官兵腰系充气的猪羊膀胱等物，扶木筏渡河。
杨林为了进一步加强官兵正规化，在明军中现有实行的各项军规基础上，参考后世中国军队条令的内容，对官兵的训练和行为举止做了规定。
最主要的一项内容便是统一和实行新的口令制度。如前进的口令为“开步——走”；停止前进的口令为“止——步”、跑步的口令为“跑步——走”等。
再如官兵互相间的称呼，平级的官兵以姓名或姓氏加职务互相称呼；下级称呼上级，均以姓氏加职位称呼；上官称呼下级，以姓名或姓氏加职务称呼。
又如上官向下级传达命令，下级领命后均回应“遵命”二字。官兵点名时，被点名者均回应“标下在”。下级在上官面前均自称“标下”。总之等等，杨林为了彻底将部下们打造成一支精锐，可谓是殚精竭虑。
如有官兵违犯军规，将受到各种体能训练的惩罚。这还不算完，其所在的什伍要在所有官兵面前，集体背诵相关
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的军规军纪。这绝对是令人颜面大失的事情，所以各什长和伍长都是瞪圆了眼睛严禁有手下犯错。
不过受到时代的限制，杨林并未完全照搬后世中国军队的各项条令和规定。至少他还没让手下们去把被子叠成“豆腐块”，更没有让手下们练习与实战几乎毫无关联的正步等内容。但是为了防止发生疫病，环境卫生的标准还是很高的，营区和营房内外看不到丁点的垃圾。