官军围剿流贼不力，反而被杀的大败亏输，朝中只好放出因党争获罪的名将宋常勤出任三边总督，负责剿灭流贼。
宋常勤入军中，发现军队之中兵无战心，军官骄横，杀良冒功。宋常勤于是用鸿门宴的方式斩杀军头凤人宏，清洗凤人宏的党羽，控制军队。
与此同时涂旦可也被军队抓住，重新整编的军队正缺少医生，于是将涂旦可带上。过程中涂旦可展现出来的医术渐渐获得军队信任，这时他才发现军中有大量医生，甚至连他的师父一位苏州名医都被抓到军队里来了。
而继续行军后涂旦可才知道军中有这么多医生的原因原来此时军队之中已经开始爆发传染病，为了稳定军心，军官拼命抓医生试图将疾病控制住。
名医们各自使用办法对付传染病，但是这疾病与之前百年中本朝遇到的病症都不一样，医生们用老办法治疗疾病，却因为药不对症所以根本无效，甚至使得将士们讳疾忌医。
涂旦可通过思索发现了治疗传染病的办法，但是这办法和古书的办法不同，涂旦可提出之后甚至连他的师父都不愿意支持，由此涂旦可被赶出军中。
与此同时，宋常勤也上任总督，他到各地去筹集粮草，可是地主大户们全都互相推委，口中说着自己如何困难，一两银子都没有，但酒宴之后，宋常勤却收到大户门送来的礼单这些不愿意支持粮草的大户一口气给他送了上千两银子的礼物。
被赶出军队的涂旦可遇到流贼，被流贼裹挟，因为之前在军中救了一个被俘的流贼首领的命，所以他并没有遇害，还被流贼以礼相待。
流贼领袖请求涂旦可给他的部下治病，这时涂旦可才发现这群流贼之中也已经爆发同样的传染病，涂旦可只能尽力救治，但因为没有相应的药品无法治愈。
与此同时宋常勤征收粮饷却遇到极大阻力，那些地主大户无论宋常勤怎么讽刺劝说都不愿拿出军粮，却反而在每次拜见宋常勤之后都给他送上更重的礼物，希望能够让宋常勤放他们一把。
宋常勤调查出这些地主家中都有粮食，却欠税不交，甚至在灾荒紧急的情况下，还有许多官员保护他们，他向朝廷弹劾这些地主和官员试图取得朝廷支持，但是这些地主大户全都有通天的关系，宋常勤的上疏没有任何回应，他反而因此被朝廷排挤。
涂旦可所在的流贼被官军攻击，涂旦可再次被俘回到军中。而这时他发现军中的传染病已经十分严重，甚至连他的师父都染上疾病。
师父在死前问涂旦可“为什么几百年都有效的办法，此时却无效了这病还怎么救”含恨而终。
涂旦可咬牙接下了治疗传染病的工作，请求用自己的新方法治疗疾病。事情上报到宋常勤那里，宋常勤点头同意。
涂旦可使用了新方法终于将传染病控制。
同时，宋常勤将本地的士绅大户聚集在一起，最后询问他们能否出粮，在再一次得到搪塞答复之后宋常勤摔杯为号，让埋伏好的军队将这些大户全部控制，抵抗者杀无赦，然后直接派出军队入大户家中查抄，尽数将这些大户隐匿的粮食未交的税款收回，用这些粮食税款武装军队，去和流贼决战。
大战前夕，涂旦可离开军队，用自己总结出来的治疗传染病的办法，试图去救治更多的受疾病困扰的百姓；宋常勤带领着队伍去和流贼决战；与此同时，因为被抄家而弹劾宋常勤的上疏雪片一般的飞向京城