孙承宗刚入辽东时，小皇帝为了支持这位老师，自内库出资八十万钱赏赐军卒，助老师一臂之力，以此收获军心。
之后，孙承宗以兵部职方司主事鹿继善、王则古为赞画，督理军需物资;以兵部武选司主事江应诏为赞画，督理辽东将领考功升降、各卫所军制;以刚入兵部职方司主事袁崇焕为赞画，督理营造营房、修筑宁远、锦州城池事宜;以兵部库部司主事杜应芳为赞画，督理修造兵甲器杖;以山东御史徐光启、兵部职方司孙元化为赞画，督造枪炮事宜;以兵部驾部司主事宋献、程仑为赞画，与广宁卫之侧朵颜卫(哈刺慎)市易购置战马;兵部吏员鲁之甲为置田使、万有孚伐木使、杨应乾募兵使。
王化贞上奏弹劾广宁卫总兵李光荣，疏于兵事、贪墨军卒粮饷，欲罢其职不用;魏忠贤却以其收拢军卒、救助百姓有功，并于年前击退建州贼，朝廷不应苛责有功之臣。
随后，孙承宗亦是上奏弹劾，广宁卫总兵李光荣虽保住了总兵之职，却只守广宁一城，实则仅算是广宁城守备将军。
孙承宗上奏朝廷，置广宁右卫、广宁左卫、广宁后屯卫、锦州、广宁中左所、广宁右屯卫、松山堡、宁远、宁远中后所、广宁中后所、广宁前屯卫、广宁中前所等十二个守备将军。
以援辽榆林卫副将、沈阳守城总兵贺世贤为广宁右卫守备将军，辖三岔河之南西宁堡、吴家坟、沙岭驿、付家庄台、平洋桥堡、西平堡、东莲子湖、振武堡、四兴堡、刘家屯、盘山驿、龙湾、镇宁堡、中安堡、大小黑山堡、镇远堡等十七堡，设衙广宁卫城，兵五千。
以援辽浙江总兵陈策为广宁左卫守备将军，辖镇安堡、白土厂关、镇靖堡、魏家岭关、镇边堡、正安堡、三塔谷、双山台、花儿营、瓦子谷、牵马岭驿、闾阳驿等十二堡，设衙广宁卫城，兵五千以防。
以援辽榆林参将、沈阳守城副总兵尤世功为广宁右屯卫守备将军，辖十三山驿、大凌河堡、东海堡三保，驻兵广宁右屯卫城，兵两千。
以辽东武靖营总兵官朱万良为广宁后屯卫守备将军，领大清堡、大靖堡、太平堡、狗河堡、万佛堂、太康堡等六堡，驻兵义州卫城，兵千五。
孙承宗亲领锦州兵三万，以援辽四川都司总兵童仲揆、援辽陕甘参将罗一贯副之，另设萨尔浒战薨将赵梦麟子赵率教为参将，领大定堡、团山堡、开州屯三保，兵一千;河北将马世龙为参将，领大茂堡、流水堡、大胜堡三保，兵一千;参将满桂守小凌河驿，兵一千。
河西蒙将祁秉忠守松山堡，辽东参将黑云鹤守宁远中左所，辽东副将董仲贵守宁远卫，援辽浙军参将张大斗守宁远中右所，援辽川军参将张名世守广宁中后所，援辽浙军副将戚金守广宁前屯卫，辽东参将孙得功守广宁中前所。
广宁卫城本身就是广宁中、左、右三个千户所官署之地，拥军也只有三千余众，其下另有三十一个堡，所有兵力加在一起也不过五千卒，自沈辽撤回的数十万军民，经过广宁卫时，挑挑捡捡又选了三万人，如此一来，东宁卫总兵直辖即有三四万兵马，而且还全是辽东本地军卒，反而成了王化贞、孙承宗最大的竞争对手，结果却也是最惨的，不仅差一点没保住广宁卫总兵一职，兵卒更是直接缩水成了个千户领兵之数，余者军卒分与广宁右卫贺世贤、左卫陈策、锦州孙承宗、山海关王化贞……
孙承宗虽然是东林党，可他的奏折却也让人无可挑剔，十二个守备总兵官大多都是以援辽陕甘、山西、川浙军将为主，并无刻意偏袒，魏忠贤就是想反对也是无可奈何。