按照李斌的规划，每个禁军卫的每个镇，都要下辖两个旅的重骑兵、一个旅的轻骑兵和两个旅的重装步兵。
每个府兵卫的每个镇，则下设一个旅的轻骑兵、两个旅的重装步兵和两个旅配备铁甲铠和强弩的轻步兵。
李斌自己兼任了桂州镇守府的镇守使，樊哙、龙且为副镇守使。
任命薛礼为襄州镇守府的镇守使，吕布、杨再兴为副镇守使。
任命秦琼为眉州镇守府的镇守使，黄忠、宇文成都为副镇守使。
任命尉迟恭为碧州镇守府的镇守使，高宠、许褚为副镇守使。
陆逊依然为东蛮都护府的镇守使，马超、张辽为副镇守使。
周瑜依然为南蛮都护府的镇守使，赵云、张郃为副镇守使。
三十六支禁军卫的主帅，分别是周瑜、陆逊、薛礼、秦琼、尉迟恭、赵云、张郃、马超、张辽、高宠、许褚、黄忠、宇文成都、吕布、杨再兴、樊哙、龙且、鱼俱罗、史万岁、贺若弼、韩擒虎、颜良、文丑、周泰、太史慈、庞德、灌婴、程普、黄盖、韩当、陈武、徐晃、夏侯惇、夏侯渊、典韦和甘宁。
三十六卫支府兵卫的主帅，分别为张宪、王贵、姚震、徐庆、石宝、邓元觉、王寅、方杰、周勃、凌统、徐盛、董袭、潘璋、丁奉、关胜、林冲、武松、史文恭、栾廷玉、卞祥、杜壆、蒙铁、石肃、杨洪、李拔、李额、李腾、陶思良、陶思远、陶思鹏、徐天皓、徐天韬、樊虎、王仓、曹勋和李宏毅。
这三十六支禁军卫和三十六支府兵卫的主帅，绝大多数都是李斌从太极八卦图中召唤出来的将领，剩下的人也都跟随了李斌多年，深受李斌的信任。
而像原屠家军那些加入镇南军的将领，这次没有一个人能担任主帅之职，不过绝大部分都担任了各卫禁军或者各卫府兵的副帅之职。
其实这些原屠家军的将领，不少人也是有资格担任主帅之职的，但是原屠家军三十六彪将之中的杨忠进、杨忠荣、杨忠彰三兄弟，竟然暗中与大燕朝廷的文官们相勾结，最后被云社查了出来。
李斌得知此事之后大怒，立即下令解除杨忠进、杨忠荣、杨忠彰三兄弟的兵权，把他们三人投入大牢。
李斌虽然恨不得把杨忠进、杨忠荣和杨忠彰三人碎尸万段，但是看在原屠家军其他将领们的面子上，李斌倒也不准备真的把杨忠进、杨忠荣和杨忠彰三人给宰了。
可是杨忠进、杨忠荣、杨忠彰三兄弟，得知与朝廷文官们的事情败露，竟然想在东蛮都护府起兵，同时又派人去联络镇南军之中那些原屠家军的将领们。
这三兄弟手中有东蛮都护府的三个府兵镇，加起来足有十六万五千兵马，然而他们还是太不了解李斌。
别看李斌表面上对麾下的将领们信任有加，但是暗地里却让云社秘密在这些将领们的身边安排了大量眼线，当然对太极八卦图召唤出来的将领，李斌还是百分百信任的。
杨忠进、杨忠荣、杨忠彰三人刚刚有反叛起兵的意思，就纷纷被人给毒杀了，至于是谁下的毒手，也就不言而喻了。
目前镇南军中原屠家军的将领还有三十一人，包括二十四太保当中的五名南蛮人，这三十一人都拥有宗师武者的实力，很多人还配得上智勇双全这四个字。
特别是韩震、徐鹰、王胜、董赫、方笠、杨伦、赵通、魏歇、霍谦这九名原屠家军十三金刚中的领兵大将，按照资历、战功和能力，完全够资格担任一卫之主帅。
可惜他们都被杨忠进、杨忠荣、杨忠彰三兄弟给连累了，以至于这次镇南军的军制改革，他们当中无一人能成为主帅。