整个故事可以大致分为以下几个阶段：
第一阶段，秦义成为指挥官，通过模拟战役了解人类与虫族之前交战溃败的情景，了解了指挥官和安塞波通讯的必要性，接受了指挥官的职位，并认真训练。
第二阶段，在完全熟悉了控制台的操作之后，秦义开始进行模拟训练，本来一切顺利，但在加入“拟真元素”情况突然急转直下，人类军队溃败。为了提高胜率，秦义慢慢地开始习惯于接受AEEIS的数据和建议，渐渐变成一个没有感情的指挥机器。
第三阶段，秦义看到了自己原本所在的AS-371-45小队执行任务的场景，并最终做出了和前任指挥官同样的决策。秦义在矛盾和挣扎中最终理解了前任指挥官的行为，为了胜利做出了许多令人痛苦的抉择。
第四阶段，所有人都认为秦义已经做好了准备，但换来的却是现实更凶残的打脸。在最终战役的推演中，即使完全按照AEEIS的建议来指挥，人类依然节节败退。
秦义几乎陷入崩溃状态，他不再相信人类可以在这场战争中获胜，不论欺骗与否、不论采用何种指挥方式，都无法赢得战争的胜利。
第五阶段，秦义悟到了用冷冰冰的数据去衡量每个人的价值是错误的，原本的指挥方式确实在一定程度上提高了作战效率，但用虫族的战术去打虫族、想要把所有士兵都变成冷冰冰的机器是绝对不可能成功的。于是，秦义选择将实情告诉所有士兵，用一次绝境中的演讲重新激发了所有人的信念，战争再度出现转机。
第六阶段，高强度的思考让秦义的身体不堪重负，在昏迷中他感受到了虫巢意识，虫族女皇向他展示了过往的真相，原来人类与虫族的战争是人类挑起的，而虫族女皇在虫巢中的行为，是在尝试着跟秦义沟通，只不过直到现在才成功。
秦义表面上做出了和解的举动，实际上却欺骗了虫族女皇，执行了斩首行动，直接奠定胜局。
第七阶段，以为战争已经结束想要撤离的秦义却被背叛，他乘坐的指挥舰冲入虫群中自杀，却没想到因为次级女王全部被斩首之后，拥有虫巢意识的他成为虫群新的大脑。
影片的最后，实际上留下了两个悬念。
第一个悬念是，决定出卖秦义的到底是执行委员会还是AEEIS？
AEEIS对秦义说的那番话，将锅全都推给了最高执行委员会，营造出了一种“狡兔死、走狗烹”的感觉。但在最高执行委员会的会议画面中，AEEIS却又说是秦义主动寻死，而委员们都表现得非常懊悔。
这显然有两种可能性：一种是AEEIS欺上瞒下，既骗了秦义也骗了最高执行委员会，不费吹灰之力地干掉了一个人类的军事天才，为以后自己接管全部人类军队扫清了障碍；另一种是最高执行委员会中的一部分人对AEEIS进行了授意，并假惺惺地演戏。
而这两种可能性，分别在暗示着未来的“智械危机”或者“内战”这两种不同的续集。
第二个悬念是，在利维坦巨兽体内的秦义继承了虫巢意识，身体也被虫族改造，变成了一种特殊的生命体。他是一名军人，对人类有着天然的忠诚，但却遭受了最可耻的背叛。
秦义到底会选择带领虫群复仇？还是会走上一条其他的道路？他到底还能不能被称作人类？他对自己将会如何认知？
这些内容显然要留到之后才能揭晓了。
……
星际战争的大场面，让所有的观众目不暇接，有的人甚至沉浸在这种震撼的情绪中，连惊呼都忘了。
从最开始人类遭遇虫群时的溃败，到小规模的拟真训练，再到最后在浩瀚星空以及星球地表的大规模战役……
电影中所有的战争场面都是循序渐进、不断升级的，观众们跟随着秦义队长从弱到强，一步一步见证了人类与虫族在宇宙空间中旷日持久的宏大战争。
让鲁晓平感到很震惊的是，虽然这部电影的特效非常酷炫，但它显然并不是只有特效。
在故事的讲述和对观众的情绪调动上，这部电影也做得非常出色！
虽然整体而言，电影的战争场面是在不断升级的，但每个阶段的情绪基调却是在不断起伏，就像是一条波浪线，有高峰也有低谷，呈现出一种在波动中螺旋上升的状态，让人完全捉摸不透。
其他的电影往往是通过角色间的冲突来展现这些内容的，例如在陷入困境时，一个团队内性格不同的成员提出不同的解决办法，激烈的争论会让荧幕前的观众也变得烦躁，而在最后众人意见统一、克服困难的时候，观众们会觉得情绪获得了释放。