吏部尚书由杨廷麟担任，负责江南各省官员三年一度的京察考功，原本南京吏部的京察制度是六年一考，北京吏部无权干涉。
朱慈烺将京察改为三年一次，并实行考成法和末尾淘汰制，考核工作实效，提高官员办事效率。
刑部尚书由原军法部顾威担任，负责南京诸司、公侯伯府、天武军等各军的刑名。
兵部改称军机部，除了原本的孙应元、黄得功、周遇吉、杨御蕃四人，朱慈烺又将曹变蛟、高邦、李少游三人加了进去，形成制衡。
礼部尚书依然由朱继柞担任，掌管礼乐、宗教、民族及外交之政，原詹事府少詹事杨士聪任正三品礼部左侍郎。
朱继柞居官清正，秉笔直书，历史上的名声极好，这位置非他莫属了。
工部尚书的人选也没动，还是熊明遇，朱慈烺命他在江南数省建造学校万余座，明年开春前必须完工。
朱慈烺将学校一块从礼部单独拿出，成立教化部，由李岩任尚书，冒襄和黄宗羲任主事辅助。
冒襄和黄宗羲都上岸了，冒襄识相灵活，还有才能，黄宗羲的教育思想比较先进，而且他们都是复社成员。
复社在江南的影响力极大，历史上抗清报国的人才也不少，朱慈烺任用他们二人，变相的拉拢复社年轻骨干，让其不闹事，发挥各自的才能，也是为了分化复社。
朱慈烺将聚贤楼招募的士人经过筛选移到翰林院，充当内阁顾问；将皇明军校迁到了南京，仍隶属军机部。
都察院左都御史由李邦华担任，主管官员的法纪监督，配合吏部的京察和考成法，其他所有职能全部收回。
南京守备和镇守太监一职没有变动，继续由魏国公和韩赞周担任，由于南京兵部变成了军机部，他们二人早已被架空了，除了能指挥得动南京京营这万把人，江南各地的驻军已跟他们没关系了。
朱慈烺任命邱致中为凤阳镇守太监，镇守太监所有权利全部收回，只负责掌管江北的军工厂和铁厂。
因史可法岳父去世，回家守制，漕运总督一职由抚宁侯朱国弼接任，朱慈烺暂时没有动他，任命朱大典为南直隶巡抚，顺道监督漕运。
原来的军屯部由赵景麟主管，负责操练各地屯田兵，军屯部的人不能入军机部，这是朱慈烺定下的规矩，避免练兵权和调兵权重合。
后勤部由太监卢九德主管，卢九德作为勇卫营的老人，多次随军作战，又深知兵法韬略，掌管后勤问题不大。
所有涉及到军队的部门，没有一个文官担任一把手，全由武将掌管，朱慈烺也不打算将来在军机部安插文人，准备来个文武分治。
对外作战，皇帝和内阁决定打不打，指定了作战任务后，至于怎么打，是军机部一众将军和参谋需要商量的事，文臣不得干预。
以文治国，以武安邦，术业有专攻，文武两班只需对皇帝负责即可，避免重蹈戚继光的悲剧，一代名将被文官的党争拖下水。