神树屠戮宫主族人，唯独留下了部分忠于宫主的奴仆。
但眼下神树暴动，召唤仪式没有完成，失去能量的世界濒临崩溃，最后的族人只得乘上化作‘诺亚方舟’的神树前往新世界。
那是一场浩劫，人类文明迎来了神树的降临，以及被他们称作‘灵能’的查克拉和神树之上的‘宫主’等仙族。
神树妄图帮助宫主统御整个世界，但却遭遇到了前所未有的抵抗。
而剩余的‘族人’看准时机掀起反叛的大旗，释放了神树的力量将其化为灾厄巨兽。
一尾守鹤、三尾矶抚、六尾犀犬、八尾牛鬼。
得知了昔日神树的罪行，不甘受其掌控的他们心甘情愿地臣服于反叛者首领‘天者’，并帮助他对抗失去大半神力的神树及遭受重创的人类。
“区区蝼蚁，也敢与我抗衡！”
为了获得更多的生存空间用于与宫主对峙，天者与人类爆发了激烈的冲突，并一度凭借尾兽的力量将幼年的人类文明熄灭，同时天者的日益壮大也让神树感觉到了危机。
但同样，危机当前，它也在与人类的接触之中学会了何为思考，何为谋略。
而现在的神树固然能够将天者或是人类一方清除，可那之后，任何一方都能够与元气大伤的它抗衡，想要统御整个世界，便必须将其一网打尽，所以…
“天者为神族的叛变者，而我们，将成为你们的守护神。”
利用天真善良的‘宫主’，神树说出了这句话，并通过一场战役中九尾从三尾手中救下的白氏一族与人类建立了联系的桥梁。
狐月仙宫、地缚仙宫、啸月仙宫、千丝仙宫。
九尾九喇嘛、五尾穆王、二尾又旅、七尾重明。
所谓的灾厄巨兽摇身一变成为了守护人类的仙宫神兽，传授他们使用查克拉的技巧，挑选其中的优秀存在升格仙族为己所用。
前线之上，天者与人类拼杀愈演愈烈，双方损耗巨大，唯独宫主的实力愈加壮大，这也让天者认清了，眼前的蝼蚁并不如他想象的那般简单，但到此已经太迟了。
大战一触即发，通过仙宫获得力量的万千人类灵能者包围了天者的葬沙窟，天者所剩不多的族人在这一战中被彻底覆灭，只有最后不得已吸收尾兽与宫主对敌。
传说中那是一场势均力敌的大战，然而事实上却是单方面的屠杀。
纵使天者拥有四只尾兽，纵使宫主已经将体内的尾兽散去，但来自家族的血脉压制让她足以轻松控制对方，并吸收他的力量发动最后的无限月读，不过她万万没有想到。
情感！
神树第一次感受到了这种存在的恐怖。
原本只是一场戏剧，可在看到战争胜利之后人类为她的欢呼，她竟差点真的认为自己是这个世界的守护神，同样的情感也蒙蔽了宫主甚至仙宫神兽。
朝夕相处之中，已经被磨灭感情的宫主感受到了保护他人后被他人歌颂、簇拥、关心、守护的温暖，也便不会任由神树控制自己，所以在将要发动无限月读之时。
“不！”
第一次被自己的主人拒绝，神树错愕不已。
讲道理这不过是‘谋略’的一环，一定是人类用了幻术在自己不知情的情况下蒙蔽了自己的主人。
但出人预料的是，不光是宫主，从她体内分离出的尾兽竟然也不再愿意回到她的体内，显然明白自由可贵的同时，他们也想要守护这个世界。
“都疯了！”
暴躁地吼出这一句，神树决定强行利用宫主发动无限月读，但是…
“不想再成为工具…”