秋，雁门饥，太祖发军粮两屯于太守郭缊赈之。郡中豪强大户闻之，无不感佩，遂协力出粮，一郡赖以得安。八月，迎赵皇后，成礼于平城。
十月，朝议三将下狱，拜太祖为中郎，以功特加千石，爵公大夫，赴洛入郎署。随行义从俱乘白马，白马义从之名自是而起。过河内孟津，逢日食，士民惊恐奔逐，唯太祖巍然不乱，自斩座下马首而震众心。须臾，日食过，孟津乃安，士民官吏无不膺服。及登船，左右问曰：“公何所恃？”太祖曰：“天象有常，君子自不惧也！”待渡河，有使来告：“君师刘公以天象罢三公之位。”太祖面不改色：“君子自强，如此琐事，何告之也？”左右愈服。及入洛，以中郎拜尚书台行事，晚谒宽。相谈至夜，将走，宽度太祖年岁日长，雄气渐成，乃临门拗其袖叹曰：“汉室兴亡，将操于文琪手也，慎之！”太祖不知其意，兼以前言诛宦事宜，乃徐答曰：“王甫根基已动，小儿辈自破敌，恩师但于内堂安坐。”宽自知失言，乃曰：“善。”
太中大夫段熲，阿附中常侍王甫，甘为爪牙，权倾朝野，其在洛中，时人未敢高声言于目前，唯太祖常与其痦。前罪将夏育、田晏，遇赦为庶人，返乡途中被杀于道。熲疑太祖所为，于铜驼街前相质，时熲引数十人，太祖凡一人，天色既暗，熲乃引众拔刀欲行不利，喝曰：“小儿辈以吾刀不利乎？”太祖曾不色变，昂然抽刀对曰：“天下健者，岂唯段公？”话音落，京师大震，房屋官寺坍塌者不计其数，熲大惊而退，由是丧胆。
年末，南宫尚书台有雌鸡化雄，一身毛皆似雄，但头冠尚未变。及发，洛中震恐，阉寺遮面而走，士人舆论汹汹。当日，复又交州事变，四郡陷落。南宫平城门无故自塌。太祖为尚书郎，亲目所见，愕然当场。待归，更与王允、田丰等急谋诛宦。
熹平七年初，太祖迁为中都官从事，与王允等合推阳球为司隶校尉。蔡邕欲上疏请诛宦，先以家人及藏书万卷托付太祖。及疏上，果下狱论死。太祖等奋力营救，改流放朔方。王甫诬告灵帝宋皇后行巫蛊之事，灵帝废后，宋氏族诛于市。帝师光禄大夫桥玄幼子被贼所挟，太祖设计救之。玄壮其志，感其恩，乃自请为司徒领尚书事，以助太祖等诛宦。
三月，朝议改元光和。王甫使门生于京兆界辜榷官财物七千馀万，京兆尹杨彪发其奸，言之司隶。时甫休沐里舍，颎亦归家。球欲假诣阙谢恩，因奏甫、颎及中常侍淳于登、袁赦、封羽等罪恶，唯虑甫闻讯入宫相持，便不敢行。太祖乃自告奋勇，率义从堵截其舍。待至，不及阳球得旨，太祖即刻亲持刃相博，引义从攻杀入舍，先擒甫及子萌，复拖其发冠至门前看管。甫卧于血泊，惶然问曰：“不得旨而杀两千石，死罪无赦，于君何益？”太祖慨然应曰：“汝父子族人五毒俱备，贪鄙殘命，天下苦之久矣！既已发动，自有进无退，便以亡命江湖，亦要为天下诛汝曹！”既攻，洛中士民临街而观，复闻此言，皆踊跃相颂，固知王甫无生矣。太祖既诛王甫，复磔其尸于夏城门，大署榜曰“贼臣王甫”。尽没入财产，妻、子皆徙比景。左右或劝曰：“行事酷烈，早晚或遭反噬。”太祖凛然对曰：“日食地震，雌鸡化雄，若不尽诛彼辈，大汉焉有早晚？”