为了获取潘多拉的相关情报，樱田纯一直卧底在动物园组织卧底，并在三个月前真正发现了潘多拉的踪迹，比动物园组织更抢先一步，得到了这个世界的“潘多拉”。
而当两枚潘多拉宝石同时出现的时候，樱田纯一瞬间窥探到了世界背后的运行轨迹两枚潘多拉所代表的两个平行世界，正在进行世界融合。
原来，不论是樱田纯原本的世界，还是现在穿越过来的世界，其实都是从动漫衍生而来的、有缺陷的世界。
蔷薇少女和蜡笔小新世界的组合世界，不但有滞留在此的第七人偶雪华绮晶，还要接连不断遭遇外星人入侵和地球危机。
柯南世界则是以米花町为重灾区圆心杀人事件频发，子弹与炸弹齐飞，四季年月日时间陷入混乱。
为了避免世界彻底陷入无法挽救的混乱，两个选择世界融合自救，通过融合来互相弥补各自世界的致命缺陷。
当然，世界融合并不是一件简单的事，需要两个世界身负大气运的主人公们之间产生接触，双方的联系越紧密，世界的融合进度也就越顺利。
于是潘多拉宝石作为促进两个世界融合的桥梁登场。
樱田纯“幸运”得到两枚潘多拉，潘多拉在樱田真希的工作室“被摔碎”分裂，警校组在人偶身体中“复活”，樱田真希和小人偶们的互穿，震撼值进度条，安室透手机中出现的群聊这些都是冥冥之中，潘多拉为了促进两个世界融合而发挥的作用。
听完松田阵平和萩原研二的转述，大家大为震撼。
他们有预想到这件事不会简单，但没想到竟然这么不简单
连世界融合这种事情都要发生了
尤其其中还涉及到动物园组织和难以控制的潘多拉这个变量，大家的表情一个个变得严肃起来。
只有樱田真希没被逐渐沉重的空气影响，眼睛一亮“所以以后我经常能来米花町串门了吗”
虽然她现在能够穿越，但谁知道这种穿越机制什么时候会停止。
所以樱田真希每次都是抱着最后一次见到透子和其他人的心态，无比珍惜每一次机会，恨不得将所有能打卡的地方全部打卡，所有能认识的角色也全都认识一遍
可是，如果世界融合了。
樱田真希忍不住在脑海中开始幻想起来。
以后可以每天早上去波洛咖啡厅吃透子特制的三明治，中午拜访毛利侦探事务所工藤宅阿笠宅，下午小学放学围观死亡小学生触发杀人事件破案，晚上和小兰园子约饭，最后心满意足地回家陪小人偶们玩
“太棒了”樱田真希陶醉地双手捧脸。
小人偶们“”
这个二次元没救了。
接收到大家如出一辙的半月眼，樱田真希这才勉强收敛了周身冒出的小花花，重新谈起正经事。
“奇怪，既然爸爸他这么早就知道了真相，怎么一直没来找我，把这件事告诉我呢”
萩原研二想了想“樱田先生只说现在还不能和真希你见面，刚好在你们来前一段时间离开，没有解释具体的原因，不过我推测，大概是因为真希你身体里的那枚潘多拉碎片有什么限制。”
樱田真希摸摸自己，疑惑脸“我身体里也有潘多拉碎片”
她一直以为只有小人偶们才有潘多拉，毕竟她又不需要潘多拉为她生命力什么的。
“真希你肯定有。”旁边一直若有所思听着的安室透开口，“穿越、以及进度条显示，都是潘多拉的功能。”
松田阵平“而且真希你的那片潘多拉碎片，应该属于潘多拉的核心。”
诸伏景光“樱田先生能和同样拥有潘多拉碎片的松田和萩原见面，却单单不能见真希你，或许正是因为两个世界的潘多拉核心区域不被允许同时出现在一个地方的缘故。”
伊达航“而且只有真希你能看到震撼值进度条。”
工藤新一几人紧跟其后也加入讨论“真希，进度条机制具体是怎么样的我在想有没有可能，这个进度条只是挂了一个所谓的震撼值的名字，实际情况是两个世界的融合进度”