来回磋商了三四日，合约内容基本确定，一式三份，幕府、英国、美国各执一份，内容基本和之前商议的差不太多。
幕府正式向英美两国开放长崎、横滨以及虾夷箱馆这三个港口，英美公民人等，可以自由进出这三座港口。英美两国在长崎和虾夷设置领事，在横滨派驻公使，并设立使馆区，允许派驻少量使馆护卫部队。
英美外交人员，如果因为有公务在身，可以在获得幕府许可之后，于日本国内旅游。如非公务人员，则只可在三个港口七日里范围内移动，不许侵入内地。
居留地基督教传播禁止，基督教书籍禁止，基督教会堂设置禁止。
至于另外要求的琉球国自由进出一事，因琉球国乃是独立之一国，幕府无法做出承诺，英美两国可以自行去琉球，要求中山王开国。
濑户内海以及关门海峡，允许无武装之英美商船自由通过，沿途不得阻拦。但是军舰须得提前报知长崎奉行或横滨奉行，方可进出。且军舰只允许在横滨使馆区港外停泊，非允许不得停靠其他口岸。
尊重自由贸易的原则，即双方国家的民间贸易不受任何限制，自行交易，幕府官员不得妄加干涉；对输出入商品实行协定关税率，幕府无权自主确定关税。每三年由英、美、日三国的税务官员会商往下一税期的税率。
设置专门的横滨税务司，三国各自派出一人担任司税，一切税收以及有关公务，须得三人会商进行。包括征收到的关税，也先行存储于税务司，经由三人全部同意之后，方可解交幕府财政机关。
外国货币在日本国内自由流通，内外货币同种等量交换，铸币和当地金银免税输出入的条款，则被忠右卫门删除，以防止日本国内的黄金大规模外流。这一条删除时，巴夏礼和佩里虽然有些不爽，但也没有强求。
真正令两人不爽的是领事裁判权和片面最惠国待遇的条款被删除，领事裁判权被修改为，一旦两国公民在日本成为民事、刑事诉讼被告时，既不按照日本法律，也不按照英美两国的法律，而是采用法国的《拿破仑法典》进行审判。
审判由一个五人委员会专门负责，英美两国各自派出一人，幕府派出两人，最后一人由英美认可的拥有日本国籍的人士担任。勉强算是做到了公平，但其实也很难保证。
片面最惠国待遇直接不存在，哪儿来的滚哪儿去。忠右卫门只认可在条约末尾，增加专门的一条备注，如果幕府同外国修订了更加优惠的条约，两国有权要求修约。
且这个不是无偿的，日本若与欧洲国家发生争端时，英美两国可应幕府之请求，并作为委托人，居中斡旋调停。
《日英友好通商合约》、《日米友好通商合约》签字！
因为在清朝廷有了经验，巴夏礼和佩里拒绝由忠右卫门签字，要求必须是幕府的宰相大臣签字，德川将军用印，不然绝不认可。