跟随朱慈烺前往山东的，还有内阁大臣、兵部尚书史可法，锦衣卫指挥使卢元达，锦衣卫副指挥使龙祖山等人。
江西总督袁继咸，当下的主要职责是盯紧江西总兵刘良佐，防止刘良佐有任何的异动。
崇祯十七年，五月初八，辰时。
朱慈烺秘密从南京出发，乘坐漕船前往山东德州，其离开南京期间，朝廷的事情由内阁直接负责，内阁首辅唐王朱聿键总负责，南京一切照旧，除开内阁诸多大臣，六部的尚书，其余人都不知道皇上已经离开南京，前往山东了。
经过内部改装的漕船，从南京码头出发，前往山东。
两艘漕船全部由锦衣卫军士掌控，船老大不知道船舱里面是什么人，只是负责撑船。
大半天时间过去，漕船来到了淮安码头，淮安巡抚、漕运总督吴孟明来到了漕船上面，见到了皇上，吴孟明大惊失色，连忙行跪拜礼。
朱慈烺告诉吴孟明，漕运必须要保持畅通，漕粮一定要按时运送到山东德州，整顿之后的漕运兵丁，主要职责就是护卫漕运的安全，以往各个漕运码头存在的诸多帮派，若是能够听从官府的调度安排，服务于漕运，从中赚取钱财，不用理睬，若是打着帮派的名声，暗地里垄断地方漕运，甚至是抢劫漕粮货物，则要坚决予以剿灭，不管牵涉到谁，都不能够手软。
经过数月时间整顿，漕运的情形大为改善，工部将清理漕运河流作为主要的工程之一，已经投入一百多万两白银，漕运总督府则是重点整顿漕运秩序，斩断了很多伸向漕运的黑手，不过朱慈烺知道，冰冻三尺非一日之寒，漕运存在的诸多弊端，还要更进一步的清理，而这种全面的清理，与整顿吏治紧密相关，须知每个利益集团的背后，都是一大群的官吏。
漕船没有在淮安码头停留，直接前往徐州。
五月十二日，辰时，漕船抵达徐州。
对于漕船的速度，朱慈烺不是很满意，南京距离徐州七百里地左右，若是走陆路，快马加鞭最快三天至四天时间，不过他不能苛求，天黑之后漕船必须要抛锚歇息，白天的时候，河面上来来往往的漕船和商船数量不少，有时候需要等待避让，船老大已经尽了最大的力，白天几乎都没有歇息。