靠着小黑灵敏的嗅觉追踪，以及山间小道留下的马蹄印，陈丽娘等人逃奔至干水磨一带时被赵教所率领的明军擒获。他们最终没能逃到朵甘思，用另一种方式去开启新的人生。
赵教命人快马加鞭地将消息传回四川承宣布政使司，布政使蔡思侃大喜过望，亲笔上书，派人八百里加急奏请当今皇帝朱祁钰。
朱祁钰收到蔡思侃的奏疏，特意在早朝对众大臣提出：“朕昨日收到四川承宣布政使蔡思侃的奏疏，得知龙州薛兆乾伏诛，其母及其家眷、同党共计二十二人被擒获，龙州薛氏叛乱得以平定，朕深感欣慰。对于薛兆乾其母及其家眷、同党，众卿家认为朕该如何处置，才能昭告天下臣民，以儆效尤呢？”
兵部尚书于谦上前一步，向朱祁钰谏言：“恭喜皇上，贺喜皇上，龙州平叛，实乃皇上的福泽恩赐。龙州薛氏犯上作乱，薛兆乾虽已伏诛，但其率家眷、同党犯下十恶不赦的谋反大罪，理应籍没家产，其母及其同党二十二人皆以同谋论斩。”
俞士悦作为刑部尚书，从刑罚的角度出发，接着说：“启禀皇上，若是为了警示后人，惩一儆百，进而推动改土归流政策顺利推行的话，微臣认为须当严厉惩处。叛臣贼子薛兆乾虽已伏诛，但就地掩埋其尸身未免太便宜他了，依照《大明律》，谋反之主谋应当用铁汁在其葬身之处铸成铁丘坟，取永世不得翻身之意，以示天下。同时，还须将其直系家眷除去皆以同盟论斩之外，余者全部贬为庶民百姓，流放贫困边远的深山之中。待此案完结之后，再请皇上下旨昭告天下，以正纲纪，让大明臣子们汲取教训，心生敬畏，不敢以身试法，从此一心一意效忠皇上，效忠大明。”
工部尚书江渊有不同意见：“皇上，龙州薛氏谋反一案，理应诛九族。但微臣斗胆请皇上仁爱，不要赶尽杀绝。薛兆乾毕竟是河东堂忠勇之后，还请皇上念在薛氏先祖曾力助太祖打下大明江山有功，请皇上恩泽薛氏一丝血脉存世，以免薛氏旁支他日恶意中伤皇上残暴不仁。”
内阁大臣商辂附议道：“回皇上，此番龙州薛兆乾谋反一案中，薛兆芝作为薛兆乾同父异母之弟，并未参与谋反，主动积极配合四川承宣布政使司追捕薛兆乾。可见薛兆芝心系朝廷，不愿与其兄薛兆乾同流合污。还请皇上明察秋毫，独留薛兆芝一条性命，保薛氏血脉得以延后，以示天下皇上深仁厚泽，赏罚分明。”
江渊和商辂此话一出，谁都听得出来他们多半与龙州薛氏土司有一定往来，但谁也没有站出来反驳。于谦不傻，皇帝朱祁钰也不傻，大家都懂有些事情只能见好就收，若是不断扩大化，极有可能收不了口子。到时候不再只是地方土司的问题，而是整个大明政坛的重新洗牌。
朱祁钰一脸严肃地说：“几位卿家都言之有理。刑一而正百，杀一而慎万，只有对大明不忠的罪人加以重处，才可使众臣子从中吸取教训，由此遵纪守法，行事慎重，大明社稷方可长治久安。至于龙州薛氏保留血脉一事，四川承宣布政使蔡思侃的奏疏朕已看过，确也提及薛兆芝主动积极配合追捕薛兆乾。姑且就先留薛兆芝一命吧，给龙州薛氏留一丝血脉。若是日后薛氏再有谋反之心，休怪朕没有给过机会。”
见朱祁钰愿意给龙州薛氏保留一丝血脉，江渊感激地说：“皇上仁爱，实乃大明之幸啊！”